亮点
- 使用METER工作流程的低通量全基因组亚硫酸氢盐测序（lp-WGBS）为mCRC提供了成本效益高、肿瘤不可知的纵向ctDNA监测方法。
- 基线ctDNA检测是强大的独立预后因素，与死亡风险增加2.24倍相关。
- 治疗开始后8周ctDNA清除识别出一组具有显著更优无进展生存期和总生存期的患者。
- METER在检测ctDNA方面表现出比传统拷贝数变异（CNA）和等位基因频率（VAF）方法更高的敏感性。
背景
通过鉴定分子生物标志物，特别是RAS和BRAF突变状态，转移性结直肠癌（mCRC）的管理已显著改进，这些突变决定了是否使用抗EGFR疗法，如帕尼单抗和西妥昔单抗。然而，尽管放射学评估仍然是监测治疗反应的金标准，但其在捕捉分子水平变化方面存在固有的延迟，并且无法提供肿瘤负担动态的深入生物学见解。循环肿瘤DNA（ctDNA）作为一种液体活检工具，已成为追踪疾病进展和治疗效果的非侵入性手段。
尽管ctDNA监测前景广阔，但由于深度靶向测序的高成本以及患者特异性检测（肿瘤知情方法）的物流复杂性，其在临床上的广泛应用受到阻碍。此外，当前的方法通常依赖于特定的突变或拷贝数变异，这些变异可能不在所有患者中存在或随时间变化。低通量全基因组亚硫酸氢盐测序（lp-WGBS）通过利用表观遗传标记——特别是DNA甲基化——提供了一种新的替代方法，这些标记在所有癌症类型中普遍存在且高度组织特异性。VALENTINO试验为探索这种新方法在RAS野生型mCRC患者接受一线系统治疗中的应用提供了独特的临床框架。
关键内容
方法学进展：METER工作流程
液体活检的主要挑战是区分肿瘤来源的DNA和健康细胞来源的背景游离DNA（cfDNA）。传统方法侧重于基因组改变，而METER（基于甲基化的肿瘤比例估算器）工作流程则利用lp-WGBS通过分析全基因组甲基化模式来推断ctDNA的存在和肿瘤比例。甲基化标记的数量远多于个别点突变，即使在低测序深度下也能实现高灵敏度。
在VALENTINO试验的探索性分析中，METER与IchorCNA进行了基准测试，后者是一种用于从拷贝数变异估计肿瘤比例的标准工具。研究结果表明，METER扩展了可检测的ctDNA范围，能够捕获CNA或VAF方法单独无法检测到的阳性病例。这表明基于表观遗传的液体活检可能比纯基因组方法提供更全面的肿瘤负担视图。
基线ctDNA的预后意义
对VALENTINO试验中的154名患者进行评估发现，使用METER工作流程，72.7%的队列在基线时可检测到ctDNA。这一基线状态是一个强有力的预后指标。在开始一线帕尼单抗/FOLFOX治疗时可检测到ctDNA的患者与未检测到ctDNA的患者相比，预后显著较差：
- 无进展生存期（PFS）：风险比（HR）为1.65（95% CI：1.13–2.42；p=0.010）。
- 总生存期（OS）：HR为2.24（95% CI：1.37–3.66；p<0.001）。
这些结果强调，治疗前ctDNA的绝对存在与更高的疾病负担或更具侵袭性的生物学特征相关，而放射学分期可能无法完全量化这一点。
ctDNA动力学的预测价值
研究中最显著的临床影响是在ctDNA动力学的纵向监测中观察到的。在8周时（与早期临床评估一致），最初ctDNA阳性的患者中有80.2%观察到ctDNA清除。8周时ctDNA持续存在（未能清除）是一个严重的预后信号，与风险大幅增加相关：
- PFS风险：HR为2.70（95% CI：1.63–4.49；p<0.001）。
- OS风险：HR为3.37（95% CI：2.00–5.69；p<0.001）。
有趣的是，虽然ctDNA清除与更显著的缓解深度（DoR）相关（中位肿瘤大小减少-48.4% vs -41.2%；p=0.023），但它与早期肿瘤缩小（ETS）的频率没有显著相关性。这表明ctDNA动力学提供了与早期放射学变化不同的生物学信息，且可能更为敏感。
专家评论
VALENTINO试验的探索性分析突显了我们如何监测mCRC的一个重要转变。使用lp-WGBS和METER工作流程解决了ctDNA采用的两个主要障碍：成本和复杂性。通过使用低通量测序（约1x到2x覆盖）并专注于表观遗传信号，这种方法绕过了需要深度测序（通常为5,000x到10,000x）以检测体细胞突变的需求。这可以将成本降低一个数量级，使纵向监测在经济上对医疗系统可行。
从临床角度来看，8周清除标志特别引人注目。在mCRC中，治疗强度经常波动（例如，降阶策略），分子确认反应可以指导医生何时维持积极治疗或何时考虑维持阶段。然而，仍有一些问题需要解决。基线时ctDNA阴性的27.3%的患者提出了挑战；他们的阴性是否反映了真正较低的肿瘤负担，还是lp-WGBS方法对某些生物学亚型的敏感性有限？未来结合多模态液体活检——结合甲基化与片段组学——可能会进一步提高检测率。
结论
在VALENTINO试验中实施基于METER的ctDNA检测是向个性化、成本效益高的肿瘤学迈出的重要一步。该研究表明，通过甲基化测量的ctDNA动力学不仅可行，而且在RAS野生型mCRC中高度预测长期生存。随着我们转向更细致的治疗策略，如基于分子反应的适应性治疗，基于表观遗传的液体活检（如lp-WGBS）可能会在临床肿瘤学家的诊断和监测工具库中发挥核心作用。
Reference：
Manca P, Paoli M, Galardi F, Morano F, Di Donato S, Biganzoli L, Malorni L, Nardone A, Ambrosini M, Sciortino C, Oldani S, Ghelardi F, Nasca V, Damonte C, Villa C, Fazio R, Mohamed S, Demichelis F, Montroni I, Pusceddu S, Cremolini C, Lonardi S, Benelli M, Pietrantonio F. CtDNA detection with low-pass whole genome bisulfite sequencing in RAS wild-type metastatic colorectal cancer: an exploratory objective of the VALENTINO trial. Clin Cancer Res. 2025 Dec 22. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-25-2773