Phân tích Bisulfite Toàn bộ Bộ gen Chuyển đổi Dòng thấp để theo dõi ctDNA trong Ung thư Đại trực tràng Di căn: Những nhận xét từ Thử nghiệm VALENTINO

Những điểm nổi bật

• Phân tích bisulfite toàn bộ bộ gen chuyển đổi dòng thấp (lp-WGBS) sử dụng quy trình làm việc METER cung cấp cách tiếp cận không phụ thuộc vào khối u và tiết kiệm chi phí cho việc theo dõi ctDNA dài hạn trong mCRC.
• Việc phát hiện ctDNA ở thời điểm cơ bản là yếu tố tiên lượng độc lập mạnh mẽ, liên quan đến nguy cơ tử vong tăng 2,24 lần.
• Việc loại bỏ ctDNA sau 8 tuần điều trị xác định một nhóm bệnh nhân có thời gian sống không tiến triển và tổng thể tốt hơn đáng kể.
• METER thể hiện độ nhạy cao hơn trong việc phát hiện ctDNA so với các phương pháp biến đổi số lượng sao chép (CNA) và tần suất hợp tử biến thể (VAF) truyền thống.

Nền tảng

Quản lý ung thư đại trực tràng di căn (mCRC) đã được cải thiện đáng kể thông qua việc xác định các dấu ấn sinh học phân tử, đặc biệt là trạng thái đột biến RAS và BRAF, quyết định việc sử dụng các liệu pháp chống EGFR như panitumumab và cetuximab. Tuy nhiên, đánh giá hình ảnh vẫn là tiêu chuẩn vàng để theo dõi đáp ứng điều trị, mặc dù nó có độ trễ cố hữu trong việc bắt kịp các thay đổi ở cấp độ phân tử và không cung cấp hiểu biết sâu sắc về động lực khối u. ADN khối u lưu thông (ctDNA) đã xuất hiện như một công cụ cách mạng hóa cho sinh thiết lỏng, cung cấp cách thức không xâm lấn để theo dõi sự tiến triển của bệnh và hiệu quả của điều trị.

Dù có tiềm năng, việc áp dụng rộng rãi ctDNA trong lâm sàng bị hạn chế bởi chi phí cao liên quan đến phân tích mục tiêu sâu và độ phức tạp hậu cần của các bài kiểm tra cụ thể cho từng bệnh nhân (phương pháp dựa trên khối u). Hơn nữa, các phương pháp hiện tại thường dựa trên các đột biến cụ thể hoặc biến đổi số lượng sao chép, có thể không có mặt ở tất cả bệnh nhân hoặc thay đổi theo thời gian. Phân tích bisulfite toàn bộ bộ gen chuyển đổi dòng thấp (lp-WGBS) đại diện cho một lựa chọn mới bằng cách tận dụng các dấu hiệu epigenetic—cụ thể là methylation DNA—có mặt rộng rãi trong các loại ung thư và rất cụ thể đối với mô. Thử nghiệm VALENTINO cung cấp khung lâm sàng độc đáo để khám phá tính hiệu quả của cách tiếp cận này ở bệnh nhân mCRC RAS hoang dại đang nhận liệu pháp hệ thống đầu tiên.

Nội dung chính

Tiến bộ phương pháp: Quy trình làm việc METER

Thách thức chính trong sinh thiết lỏng là phân biệt ADN từ khối u khỏi ADN tự do từ tế bào khỏe mạnh. Các phương pháp truyền thống tập trung vào các biến đổi gen. Ngược lại, quy trình làm việc METER (Ước tính Phần tử Khối u Dựa trên Methylation) sử dụng lp-WGBS để suy luận sự hiện diện của ctDNA và phần tử khối u bằng cách phân tích các mẫu methylation trên toàn bộ gen. Các dấu hiệu methylation xuất hiện nhiều hơn so với các đột biến đơn lẻ, cho phép độ nhạy cao ngay cả ở độ sâu phân tích thấp.

Trong phân tích thăm dò của thử nghiệm VALENTINO, METER được so sánh với IchorCNA, công cụ tiêu chuẩn để ước tính phần tử khối u từ biến đổi số lượng sao chép. Kết quả nghiên cứu chỉ ra rằng METER mở rộng phạm vi phát hiện ctDNA, phát hiện các trường hợp dương tính mà các phương pháp dựa trên CNA hoặc VAF sẽ bỏ sót. Điều này cho thấy rằng sinh thiết lỏng dựa trên epigenetic có thể cung cấp cái nhìn toàn diện hơn về gánh nặng khối u so với các cách tiếp cận dựa trên gen thuần túy.

Ý nghĩa tiên lượng của ctDNA ở thời điểm cơ bản

Đánh giá 154 bệnh nhân từ thử nghiệm VALENTINO cho thấy ctDNA ở thời điểm cơ bản có thể phát hiện được ở 72,7% nhóm bệnh nhân sử dụng quy trình làm việc METER. Tình trạng này phục vụ như một chỉ số tiên lượng mạnh mẽ. Bệnh nhân có ctDNA phát hiện được khi bắt đầu liệu pháp panitumumab/FOLFOX đầu tiên có kết quả xấu hơn đáng kể so với những người có mức độ không phát hiện:

• Thời gian sống không tiến triển (PFS): Hệ số nguy cơ (HR) 1,65 (95% CI: 1,13–2,42; p=0,010).
• Thời gian sống tổng thể (OS): HR 2,24 (95% CI: 1,37–3,66; p<0,001).

Các kết quả này nhấn mạnh rằng sự hiện diện tuyệt đối của ctDNA trước điều trị tương quan với gánh nặng bệnh cao hơn hoặc sinh học hung dữ hơn, điều mà đánh giá hình ảnh đơn thuần có thể không lượng hóa đầy đủ.

Giá trị dự đoán của động lực ctDNA

Tác động lâm sàng quan trọng nhất của nghiên cứu được quan sát trong việc theo dõi dài hạn động lực ctDNA. Tại thời điểm 8 tuần (trùng với đánh giá lâm sàng sớm), hiện tượng loại bỏ ctDNA được ghi nhận ở 80,2% bệnh nhân ban đầu có ctDNA dương tính. Ngược lại, sự tồn tại kéo dài của ctDNA (không được loại bỏ) tại thời điểm 8 tuần là một dấu hiệu tiên lượng xấu, liên quan đến sự gia tăng đáng kể nguy cơ:

• Nguy cơ PFS: HR 2,70 (KTC 95%: 1,63–4,49; p<0,001)

• Nguy cơ OS: HR 3,37 (KTC 95%: 2,00–5,69; p<0,001)

Điều đáng chú ý là, mặc dù việc loại bỏ ctDNA có liên quan đến độ sâu đáp ứng (DoR) rõ rệt hơn (giảm kích thước khối u trung vị -48,4% so với -41,2%; p=0,023), nhưng nó không có mối liên quan có ý nghĩa thống kê với tần suất thu nhỏ khối u sớm (ETS). Điều này cho thấy động lực ctDNA cung cấp thông tin sinh học khác biệt so với những thay đổi hình ảnh học sớm, và có thể nhạy hơn.

---

Nhận định của chuyên gia

Phân tích thăm dò của nghiên cứu VALENTINO nhấn mạnh một sự thay đổi mang tính bước ngoặt trong cách chúng ta theo dõi ung thư đại trực tràng di căn (mCRC). Việc sử dụng quy trình lp-WGBS kết hợp với nền tảng METER đã giải quyết hai rào cản chính trong ứng dụng ctDNA: chi phí và độ phức tạp.

Bằng cách áp dụng giải trình tự độ phủ thấp (khoảng 1x–2x) và tập trung vào các tín hiệu biểu sinh, phương pháp này tránh được yêu cầu giải trình tự siêu sâu để phát hiện đột biến soma (thường cần 5.000x–10.000x). Nhờ đó, chi phí có thể giảm xuống một bậc độ lớn, giúp việc theo dõi dọc trở nên khả thi về mặt kinh tế đối với hệ thống y tế.

Từ góc độ lâm sàng, dấu mốc loại bỏ ctDNA tại 8 tuần đặc biệt đáng quan tâm. Trong mCRC, cường độ điều trị thường thay đổi (ví dụ các chiến lược giảm cường độ điều trị), và việc xác nhận đáp ứng ở mức phân tử có thể giúp bác sĩ quyết định khi nào nên duy trì điều trị tích cực hoặc khi nào có thể chuyển sang giai đoạn điều trị duy trì.

Tuy nhiên, vẫn còn những câu hỏi cần được giải quyết. Khoảng 27,3% bệnh nhân có ctDNA âm tính ngay từ thời điểm ban đầu đặt ra thách thức: liệu kết quả âm tính này phản ánh thực sự gánh nặng khối u thấp hơn, hay là do giới hạn độ nhạy của phương pháp lp-WGBS đối với một số phân nhóm sinh học nhất định? Trong tương lai, việc kết hợp sinh thiết lỏng đa mô thức—kết hợp phân tích methyl hóa với phân tích fragmentomics—có thể giúp cải thiện hơn nữa tỷ lệ phát hiện.

---

Kết luận

Việc triển khai phát hiện ctDNA dựa trên nền tảng METER trong thử nghiệm VALENTINO đánh dấu một bước tiến quan trọng hướng tới nền ung thư học cá thể hóa và hiệu quả về chi phí. Nghiên cứu này chứng minh rằng động lực ctDNA đo lường thông qua methyl hóa không chỉ khả thi mà còn có giá trị dự đoán cao đối với sống còn dài hạn ở bệnh nhân mCRC kiểu gen RAS hoang dại.

Khi lĩnh vực ung thư học tiến tới các chiến lược điều trị ngày càng tinh vi hơn, chẳng hạn như điều trị thích ứng dựa trên đáp ứng phân tử, các phương pháp sinh thiết lỏng dựa trên biểu sinh như lp-WGBS sẽ đóng vai trò trung tâm trong bộ công cụ chẩn đoán và theo dõi của bác sĩ ung bướu lâm sàng.

Reference：

Manca P, Paoli M, Galardi F, Morano F, Di Donato S, Biganzoli L, Malorni L, Nardone A, Ambrosini M, Sciortino C, Oldani S, Ghelardi F, Nasca V, Damonte C, Villa C, Fazio R, Mohamed S, Demichelis F, Montroni I, Pusceddu S, Cremolini C, Lonardi S, Benelli M, Pietrantonio F. CtDNA detection with low-pass whole genome bisulfite sequencing in RAS wild-type metastatic colorectal cancer: an exploratory objective of the VALENTINO trial. Clin Cancer Res. 2025 Dec 22. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-25-2773 IF: 10.2 Q1 B1